創辦于1993年。1997年通過省重點職業高中驗收。1999年通過國家級重點中等職業學校驗收，被國家教育部確定為全國首批重點中等職業學校。2004年被教育部重新認定為首批“國家級重點中等職業學校”。在16年的辦學歷程中，學校還先后獲得了“全國職教先進單位”、“江蘇省職教先進單位”等榮譽稱號。

學校與南京晨光、南京高齒、長安福特、中電光伏、西門子、愛立信、霍尼韋爾、多倫科技等企業建立了長期的學生實習、就業合作關系，實施“訂單式培養”，開設“晨光班”、“高齒班”、“霍尼韋爾班”、“多倫科技班”等，相關專業畢業生優先進入上述企業就業。學校還積極探索新的辦學模式，開設了“中國--新加坡”班、“3G”特色班、“對口單招重點班”等班級。

2014年9月，江寧區委區政府認真貫徹落實國家關于大力發展職業教育的有關文件精神，正式整合南京江寧中等專業學校（創建于1993年8月，南京江寧職業技術教育中心）、江寧技師學院（創建于1992年，原名江寧技工學校）與區職培中心（電大）（創建于1982年春）三校的職業教育資源，籌建江寧高等職業學校（省聯院江寧分院），以舉辦高職教育的要求進行設計和建設，并把創辦五年制高等職業學校作為地方的主要社會發展目標之一。2016年，學校正式增掛“江蘇聯合職業技術學院江寧分院”；2017年9月，學校正式更名為“南京江寧高等職業技術學校”。